表观基因组学

  • 甲基化测序(MeDIP seq )数据是否可以和全基因表达谱芯片或lncRNA芯片联合应用?

           两个平台可以同时做,这样不仅可以缩小验证指标挑选范围而且可以从宏观角度来说明DNA甲基化对基因的转录调控。


         DNA甲基化和表达谱的联合分析:


         a)理论上甲基化水平升高会抑制基因的表达,但甲基化不是调控基因表达的唯一因素。所以联合分析的意义就在于:


         1 统计有多少甲基化变化的基因同时发生了表达的变化,也就是说在特定的条件下甲基化是不是调控基因表达的主要因素。


         2 缩小研究范围。甲基化测序或芯片筛选得到的差异基因往往数目众多给候选基因的筛选带来了困惑,结合表达谱能缩小范围找到有调控基因表达作用的甲基化变化,这个也是甲基化研究的意义所在。


         b) 联合分析的形式:1 韦恩图;2 热图。


  • DNA甲基化与羟甲基化的区别?

    DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶DNMT的作用下,基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5‘碳原子共价键结合一个甲基基团。

    DNA羟甲基化是在TET酶的作用下,5甲基胞嘧啶上加羟基产生5羟甲基胞嘧啶。

    DNA甲基化和羟甲基化是两种独立的表观改变,有研究表明两者有相反的功能作用。

  • 甲基化芯片(MeDIP chip)数据报告包含哪些内容?

    1 芯片原始图;

    2 DNA QC;

    3 芯片数据展示 (MA plot,box plot和相关系数分析图);

    4 原始信号数据(raw data);

    5 GFF files (scaled log2 ratio data, p value data, peaks data, annotation);

    6 芯片分析结果(各个样品启动子区域甲基化的基因列表、各个样品CpG island区域甲基化情况列表、各个样品启动子区域差异甲基化的基因);

    7 差异甲基化的基因及区域;

    8 GO、Pathway 分析;

    9 可视化文件,可用signalmap软件导出文章发表级别的甲基化分布图。



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